
<html><head><base href="x-msg://186/"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Dear Tony,<div><br></div><div>You don't really give details of what you did on the single subject level that you want to try to achieve on the group level. But appending all the subject sources to each other does not make sense to me. Assuming you wrote out all the sources you computed as image files, then within Fieldtrip you can use ft_volumenormalise to write the results to standard source space (which uses SPM2 or SPM8). Or, you can just use SPM8 directly, taking the normalization result from the T1 MRI data and applying it to the source result computed within that space. That will put your subjects in MNI space and then you can do stats from there in a common anatomical space.</div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>Don </div><div>-----------------------<br>Don Rojas, Ph.D.<br>Associate Professor of Psychiatry<br>U. of Colorado Denver Anschutz Medical Campus<br>Director, UCD Magnetoencephalography Lab<br>13001 E. 17th Pl F546<br>Aurora, CO 80045<br>303-724-4994</div><div><div><div>On Jul 15, 2011, at 11:04 AM, Passaro, Antony D wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple"><div class="WordSection1" style="page: WordSection1; "><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="color: rgb(31, 73, 125); ">Hi everyone,<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="color: rgb(31, 73, 125); "><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="color: rgb(31, 73, 125); ">I tried to come up with a solution to this issue and the best I could do was to append all source analyses of pre-stim and post-stim trials for each subject to one another before performing source statistics across all trials and all subjects. However, I cant seem to find a way to normalize all subjects so they reside in the same source space prior to performing source statistics.<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="color: rgb(31, 73, 125); "><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="color: rgb(31, 73, 125); ">Any help would be much appreciated.<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="color: rgb(31, 73, 125); "><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="color: rgb(31, 73, 125); ">Thanks,<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="color: rgb(31, 73, 125); ">-Tony<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="color: rgb(31, 73, 125); "><o:p> </o:p></span></div><div><div style="border-right-style: none; border-bottom-style: none; border-left-style: none; border-width: initial; border-color: initial; border-top-style: solid; border-top-color: rgb(181, 196, 223); border-top-width: 1pt; padding-top: 3pt; padding-right: 0in; padding-bottom: 0in; padding-left: 0in; "><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><b><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif; ">From:</span></b><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif; "><span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:fieldtrip-bounces@donders.ru.nl" style="color: blue; text-decoration: underline; ">fieldtrip-bounces@donders.ru.nl</a><span class="Apple-converted-space"> </span>[mailto:fieldtrip-bounces@donders.ru.nl]<span class="Apple-converted-space"> </span><b>On Behalf Of<span class="Apple-converted-space"> </span></b>Passaro, Antony D<br><b>Sent:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Monday, July 11, 2011 8:25 AM<br><b>To:</b><span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" style="color: blue; text-decoration: underline; ">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br><b>Subject:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>[FieldTrip] Group level source statistics for individual condition<o:p></o:p></span></div></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p> </o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">Hi all,<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p> </o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">I’m trying to figure out how to compute the source statistics across a group of subjects for an individual condition (as compared to baseline). I have performed the single subject level source statistics for each condition compared to baseline (for all trials) and I have used those results to compute the group level statistics comparing both conditions directly. But I would also like to show the statistically significant sources across the group for each condition and while the average across subjects is informative, I would prefer to perform the same type of statistical analysis that was used to compare conditions directly. Is this possible with Fieldtrip and if so, would it require averaging the baseline and condition separately across all trials for each subject before comparing the condition and baseline at the group level using the sourcestatistics function?<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p> </o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">Thank you for your help,<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">-Tony<o:p></o:p></div></div>_______________________________________________<br>fieldtrip mailing list<br><a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" style="color: blue; text-decoration: underline; ">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br><a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" style="color: blue; text-decoration: underline; ">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a></div></span></blockquote></div><br><div>

<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><br></div></span></span>

</div>

<br></div></body></html>