<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hallo Nina,<div><br></div><div>Vielen Dank !!!</div><div><br></div><div>Stephan</div><div><br><div><div>El 31/05/2011, a las 09:23, Nina Kahlbrock escribió:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><o:smarttagtype namespaceuri="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags" name="PersonName">
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<div lang="DE" link="blue" vlink="blue" style="word-wrap: break-word;-webkit-nbsp-mode: space;
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<div class="Section1"><p class="MsoNormal"><font size="2" color="navy" face="Arial"><span style="font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy">Hi Stephan,<o:p></o:p></span></font></p><p class="MsoNormal"><font size="2" color="navy" face="Arial"><span style="font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy"><o:p> </o:p></span></font></p><p class="MsoNormal"><font size="2" color="navy" face="Arial"><span lang="EN-GB" style="font-size:10.0pt;font-family:Arial;color:navy">you can find the
discussion list at:<o:p></o:p></span></font></p><p class="MsoNormal"><font size="2" color="navy" face="Arial"><span lang="EN-GB" style="font-size:10.0pt;font-family:Arial;color:navy"><a href="https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?A0=NEUROMEG">https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?A0=NEUROMEG</a><o:p></o:p></span></font></p><p class="MsoNormal"><font size="2" color="navy" face="Arial"><span lang="EN-GB" style="font-size:10.0pt;font-family:Arial;color:navy"><o:p> </o:p></span></font></p><p class="MsoNormal"><font size="2" color="navy" face="Arial"><span lang="EN-GB" style="font-size:10.0pt;font-family:Arial;color:navy">Best,<o:p></o:p></span></font></p><p class="MsoNormal"><font size="2" color="navy" face="Arial"><span lang="EN-GB" style="font-size:10.0pt;font-family:Arial;color:navy">Nina<o:p></o:p></span></font></p><p class="MsoNormal"><font size="2" color="navy" face="Arial"><span lang="EN-GB" style="font-size:10.0pt;font-family:Arial;color:navy"><o:p> </o:p></span></font></p>

<div>

<div class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center"><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size:12.0pt">

<hr size="2" width="100%" align="center" tabindex="-1">

</span></font></div><p class="MsoNormal"><b><font size="2" face="Tahoma"><span style="font-size:10.0pt;
font-family:Tahoma;font-weight:bold">Von:</span></font></b><font size="2" face="Tahoma"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Tahoma">
<a href="mailto:fieldtrip-bounces@donders.ru.nl">fieldtrip-bounces@donders.ru.nl</a> [mailto:fieldtrip-bounces@donders.ru.nl] <b><span style="font-weight:bold">Im Auftrag von </span></b>Stephan Moratti<br>
<b><span style="font-weight:bold">Gesendet:</span></b> Montag, 30. Mai 2011
21:27<br>
<b><span style="font-weight:bold">An:</span></b> <st1:personname w:st="on">Email
 discussion list for the FieldTrip project</st1:personname><br>
<b><span style="font-weight:bold">Betreff:</span></b> Re: [FieldTrip] SAM
beamforming on Neuromag data</span></font><o:p></o:p></p>

</div><p class="MsoNormal"><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size:
12.0pt"><o:p> </o:p></span></font></p><p class="MsoNormal"><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size:
12.0pt">Hi Michael,<o:p></o:p></span></font></p>

<div><p class="MsoNormal"><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size:
12.0pt"><o:p> </o:p></span></font></p>

</div>

<div><p class="MsoNormal"><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size:
12.0pt">Thanks for your comments! We have just started with a Neuromag system
in Madrid and we ran into the same questions. Thanks for posting your comments.
Could you tell me where I can find the Neuromag discussion list, please?<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div><p class="MsoNormal"><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size:
12.0pt"><o:p> </o:p></span></font></p>

</div>

<div><p class="MsoNormal"><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size:
12.0pt">Best,<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div><p class="MsoNormal"><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size:
12.0pt"><o:p> </o:p></span></font></p>

</div>

<div><p class="MsoNormal"><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size:
12.0pt">Stephan<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div><p class="MsoNormal"><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size:
12.0pt"><o:p> </o:p></span></font></p>

<div>

<div><p class="MsoNormal"><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size:
12.0pt">El 30/05/2011, a las 17:58, Michael Wibral escribió:<o:p></o:p></span></font></p>

</div><p class="MsoNormal"><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size:
12.0pt"><br>
<br>
<o:p></o:p></span></font></p>

<div bgcolor="#FFFFFF"><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt;background:white"><font size="1" face="Verdana"><span style="font-size:9.0pt;font-family:Verdana"><br>
Hi Elena,<br>
<br>
as far as I can see from the neuromeg discussion list and the maxfilter papers
the properties of the components removed by the maxfilter do not require a
leadfield update.<br>
If you run into rank-deficiency issue with the covariance matrix a tiny amount
of regularization should fix this.<br>
(Note: If someone who reads this is of a different opinion, please let me
know!)<br>
<br>
<br>
Michael<o:p></o:p></span></font></p>

<div class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;background:white"><font size="1" face="Verdana"><span style="font-size:9.0pt;font-family:Verdana">

<hr size="2" width="100%" align="center">

</span></font></div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt;background:white"><b><font size="1" face="Verdana"><span style="font-size:9.0pt;font-family:Verdana;
font-weight:bold">Von:</span></font></b><font size="1" face="Verdana"><span style="font-size:9.0pt;font-family:Verdana"> "Elena Orekhova" <<a href="mailto:Elena.Orekhova@neuro.gu.se">Elena.Orekhova@neuro.gu.se</a>><br>
<b><span style="font-weight:bold">Gesendet:</span></b> May 30, 2011 4:30:34 PM<br>
<b><span style="font-weight:bold">An:</span></b> "<st1:personname w:st="on">Email
 discussion list for the FieldTrip project</st1:personname>" <<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a>><br>
<b><span style="font-weight:bold">Betreff:</span></b> Re: [FieldTrip] SAM
beamforming on Neuromag data<o:p></o:p></span></font></p>

<div>

<div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt;background:white"><font size="2" color="black" face="Tahoma"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;
color:black">Thank you for this.<br>
<br>
I have more concerns.  I applied MaxFilter to the data. Since MaxFilter
reduces the rank of the covariance matrix by removing noisy components, it may
influence the beamformer results.<br>
Is it safe to do beamforming with MaxFiltered data?<br>
<br>
Elena<o:p></o:p></span></font></p>

<div>

<div class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;background:white"><font size="3" color="black" face="Times New Roman"><span style="font-size:12.0pt;
color:black">

<hr size="2" width="100%" align="center">

</span></font></div>

<div id="divRpF893554"><p class="MsoNormal" style="background:white"><b><font size="2" color="black" face="Tahoma"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;color:black;
font-weight:bold">From:</span></font></b><font size="2" color="black" face="Tahoma"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;color:black"> <a href="mailto:fieldtrip-bounces@donders.ru.nl">fieldtrip-bounces@donders.ru.nl</a>
[<a href="mailto:fieldtrip-bounces@donders.ru.nl">fieldtrip-bounces@donders.ru.nl</a>]
on behalf of Michael Wibral [<a href="mailto:michael.wibral@web.de">michael.wibral@web.de</a>]<br>
<b><span style="font-weight:bold">Sent:</span></b> Monday, May 30, 2011 2:08 PM<br>
<b><span style="font-weight:bold">To:</span></b> <st1:personname w:st="on">Email
 discussion list for the FieldTrip project</st1:personname><br>
<b><span style="font-weight:bold">Subject:</span></b> Re: [FieldTrip] SAM
beamformeing on Neuromag data</span></font><font color="black"><span style="color:black"><br>
 <o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div><p class="MsoNormal" style="background:white"><font size="3" color="black" face="Times New Roman"><span style="font-size:12.0pt;color:black"> <o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt;background:white"><font size="3" color="black" face="Times New Roman"><span style="font-size:12.0pt;color:black">Hi
Elena,<br>
<br>
as far as I know, the leadfield computation should be aware of the different
UNITS (not only scales) of gradiometers and magnetometers. There was a problem
with the sign of the leadfields but that should have been fixed.<br>
<br>
There is one more fundamental problem however, that you should be aware of (doesn't
invalidate your source analysis but bears potential for fine-tuning), which is
the projection of noise:<br>
In beamforming the unit gain constraint guarantees that you get your source
signal back with unit gain. Added on top however is neurophysiological
crosstalk (minimized) and sensor noise of the sensors with the largest weights
in your Beamformer (not reducible). So different sensor types willhave
different (inverse) leadfield strengths, theerfore also fiofefrent source noise
levels. the relative benefits of each sensor type changes from location to
location, so a location (and data) dependend weighting would in principle be
best.<br>
I am not sure if and how this is implemented if FT (Bayesian weighting would be
optimal here..)<br>
<br>
What you could do as a first step is to beam separately and compare the
results.<br>
<br>
Michael<br>
<br>
<o:p></o:p></span></font></p>

<div class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;background:white"><font size="3" color="black" face="Times New Roman"><span style="font-size:12.0pt;
color:black">

<hr size="2" width="100%" align="center">

</span></font></div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt;background:white"><b><font size="3" color="black" face="Times New Roman"><span style="font-size:12.0pt;
color:black;font-weight:bold">Von:</span></font></b><font color="black"><span style="color:black"> "Elena Orekhova" <<a href="mailto:Elena.Orekhova@neuro.gu.se">Elena.Orekhova@neuro.gu.se</a>><br>
<b><span style="font-weight:bold">Gesendet:</span></b> May 30, 2011 1:08:29 PM<br>
<b><span style="font-weight:bold">An:</span></b> "<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a>" <<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a>><br>
<b><span style="font-weight:bold">Betreff:</span></b> [FieldTrip] SAM
beamformeing on Neuromag data<o:p></o:p></span></font></p>

<div>

<div><p class="MsoNormal" style="background:white"><font size="2" color="black" face="Tahoma"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;color:black">@font-face
{ font-family: "\FF2D \FF33 \660E \671D "; }@font-face { font-family:
"\FF2D \FF33 \660E \671D "; }@font-face { font-family:
"Cambria"; }p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal { margin: 0cm
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}span.HTMLPreformattedChar { font-family: Courier; }.MsoChpDefault {
font-family: Cambria; }div.WordSection1 { page: WordSection1; }<o:p></o:p></span></font></p><p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;
background:white"><font size="3" color="black" face="Times New Roman"><span style="font-size:12.0pt;color:black">Dear All,<o:p></o:p></span></font></p><p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;
background:white"><font size="3" color="black" face="Times New Roman"><span style="font-size:12.0pt;color:black">I try to run beamformer analysis on the
auditory MEG data (Neuromag) and have basic questions.<o:p></o:p></span></font></p>

<div><p class="MsoNormal" style="background:white"><font size="2" color="black" face="Tahoma"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;color:black"> <o:p></o:p></span></font></p>

</div><p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;
background:white"><font size="3" color="black" face="Times New Roman"><span style="font-size:12.0pt;color:black">1.Magnetometers and gradiometers Neuromag
sensors have different scales. Does the Fieldtrip take care of this difference
or should I normalize the data?   It yes, how to  normalize?<o:p></o:p></span></font></p>

<div><p class="MsoNormal" style="background:white"><font size="2" color="black" face="Tahoma"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;color:black"> <o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<pre style="background:white"><font size="3" color="black" face="Cambria"><span style="font-size:12.0pt;font-family:Cambria;color:black">2. I would like to do SAM analysis  of evoked field and look at the time courses at ROIs  (virtual channels).  The only tutorial example I have found was for the lcmv-beamformer <o:p></o:p></span></font></pre><pre style="background:white"><font size="3" color="black" face="Cambria"><span style="font-size:12.0pt;font-family:Cambria;color:black">(cfg.method = 'lcmv'; <a href="http://fieldtrip.fcdonders.nl/example/lcmv-beamformer)">http://fieldtrip.fcdonders.nl/example/lcmv-beamformer)</a>. I am not sure <o:p></o:p></span></font></pre><pre style="background:white"><font size="3" color="black" face="Cambria"><span style="font-size:12.0pt;font-family:Cambria;color:black">which parameters should I specify in ft_sourceanalysis if cfg.method = 'sam'.   </span></font><font color="black"><span style="color:black"><o:p></o:p></span></font></pre><pre style="background:white"><font size="2" color="black" face="Courier New"><span style="font-size:10.0pt;color:black"><o:p> </o:p></span></font></pre><pre style="background:white"><font size="3" color="black" face="Cambria"><span style="font-size:12.0pt;font-family:Cambria;color:black"> </span></font><font color="black"><span style="color:black"><o:p></o:p></span></font></pre><pre style="background:white"><font size="3" color="black" face="Cambria"><span style="font-size:12.0pt;font-family:Cambria;color:black">I would be most grateful for any example script of this type analysis!</span></font><font color="black"><span style="color:black"><o:p></o:p></span></font></pre><pre style="background:white"><font size="3" color="black" face="Cambria"><span style="font-size:12.0pt;font-family:Cambria;color:black"> </span></font><font color="black"><span style="color:black"><o:p></o:p></span></font></pre><pre style="background:white"><font size="3" color="black" face="Cambria"><span style="font-size:12.0pt;font-family:Cambria;color:black">Regards, </span></font><font color="black"><span style="color:black"><o:p></o:p></span></font></pre><pre style="background:white"><font size="3" color="black" face="Cambria"><span style="font-size:12.0pt;font-family:Cambria;color:black">Elena</span></font><font color="black"><span style="color:black"><o:p></o:p></span></font></pre>

<div><p class="MsoNormal" style="background:white"><font size="2" color="black" face="Tahoma"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;color:black"> <o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div><p class="MsoNormal"><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size:
12.0pt">_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><o:p></o:p></span></font></p>

</div><p class="MsoNormal"><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size:
12.0pt"><o:p> </o:p></span></font></p>

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<div><p class="MsoNormal"><font size="4" color="black" face="Helvetica"><span style="font-size:13.5pt;font-family:Helvetica;color:black"><br>
________________________________________________________<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:13.5pt"><font size="4" color="black" face="Helvetica"><span style="font-size:13.5pt;font-family:Helvetica;color:black">Stephan
Moratti, PhD<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:13.5pt"><font size="4" color="black" face="Helvetica"><span style="font-size:13.5pt;font-family:Helvetica;color:black">see
also: <a href="http://web.me.com/smoratti/">http://web.me.com/smoratti/</a><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div><p class="MsoNormal"><font size="4" color="black" face="Helvetica"><span style="font-size:13.5pt;font-family:Helvetica;color:black">Department of Basic
Psychology<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div><p class="MsoNormal"><font size="4" color="black" face="Helvetica"><span style="font-size:13.5pt;font-family:Helvetica;color:black">Universidad
Complutense de Madrid<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div><p class="MsoNormal"><font size="4" color="black" face="Helvetica"><span style="font-size:13.5pt;font-family:Helvetica;color:black"><o:p> </o:p></span></font></p>

</div>

<div><p class="MsoNormal"><font size="4" color="black" face="Helvetica"><span style="font-size:13.5pt;font-family:Helvetica;color:black">Centro de Tecnología
Biomédica CBT,<br>
Universidad Politécnica de Madrid,<br>
<br>
en la actualidad (currently at) en el<br>
Centro de Magnetoencefalografía Dr. Perez Modrego,<br>
Universidad Complutense de Madrid,<br>
Faculdad de Medicina,<br>
Pabellón 8,<br>
Avda. Complutense, s/n,<br>
28040 Madrid,<br>
Spain,<br>
<br>
email: <a href="mailto:smoratti@psi.ucm.es">smoratti@psi.ucm.es</a><br>
Tel.:    +34 91 394 2186<br>
Fax.:   +34 91 394 2294<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</span><p class="MsoNormal"><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size:
12.0pt"><o:p> </o:p></span></font></p>

</span></span></span></span></div>

</div>

</div>


_______________________________________________<br>fieldtrip mailing list<br><a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</o:smarttagtype></blockquote></div><br><div>
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div><br class="Apple-interchange-newline">________________________________________________________</div><div>Stephan Moratti, PhD<br><br></div><div>see also: <a href="http://web.me.com/smoratti/">http://web.me.com/smoratti/</a><br><br></div><div>Department of Basic Psychology</div><div>Universidad Complutense de Madrid</div><div><br></div><div>Centro de Tecnología Biomédica CBT,<br>Universidad Politécnica de Madrid,<br><br>en la actualidad (currently at) en el<br>Centro de Magnetoencefalografía Dr. Perez Modrego,<br>Universidad Complutense de Madrid,<br>Faculdad de Medicina,<br>Pabellón 8,<br>Avda. Complutense, s/n,<br>28040 Madrid,<br>Spain,<br><br>email: <a href="mailto:smoratti@psi.ucm.es">smoratti@psi.ucm.es</a><br>Tel.:    +34 91 394 2186<br>Fax.:   +34 91 394 2294</div></span></div></span></div></span></div></span></span>
</div>
<br></div></body></html>