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<div class=Section1>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>Hi Stephan,<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'><o:p> </o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span lang=EN-GB
style='font-size:10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>you can find the
discussion list at:<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span lang=EN-GB
style='font-size:10.0pt;font-family:Arial;color:navy'><a
href="https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?A0=NEUROMEG">https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?A0=NEUROMEG</a><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span lang=EN-GB
style='font-size:10.0pt;font-family:Arial;color:navy'><o:p> </o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span lang=EN-GB
style='font-size:10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>Best,<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span lang=EN-GB
style='font-size:10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>Nina<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span lang=EN-GB
style='font-size:10.0pt;font-family:Arial;color:navy'><o:p> </o:p></span></font></p>

<div>

<div class=MsoNormal align=center style='text-align:center'><font size=3
face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt'>

<hr size=2 width="100%" align=center tabindex=-1>

</span></font></div>

<p class=MsoNormal><b><font size=2 face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Tahoma;font-weight:bold'>Von:</span></font></b><font size=2
face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma'>
fieldtrip-bounces@donders.ru.nl [mailto:fieldtrip-bounces@donders.ru.nl] <b><span
style='font-weight:bold'>Im Auftrag von </span></b>Stephan Moratti<br>
<b><span style='font-weight:bold'>Gesendet:</span></b> Montag, 30. Mai 2011
21:27<br>
<b><span style='font-weight:bold'>An:</span></b> <st1:PersonName w:st="on">Email
 discussion list for the FieldTrip project</st1:PersonName><br>
<b><span style='font-weight:bold'>Betreff:</span></b> Re: [FieldTrip] SAM
beamforming on Neuromag data</span></font><o:p></o:p></p>

</div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><o:p> </o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'>Hi Michael,<o:p></o:p></span></font></p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><o:p> </o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'>Thanks for your comments! We have just started with a Neuromag system
in Madrid and we ran into the same questions. Thanks for posting your comments.
Could you tell me where I can find the Neuromag discussion list, please?<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><o:p> </o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'>Best,<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><o:p> </o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'>Stephan<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><o:p> </o:p></span></font></p>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'>El 30/05/2011, a las 17:58, Michael Wibral escribió:<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><br>
<br>
<o:p></o:p></span></font></p>

<div bgcolor="#FFFFFF">

<p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt;background:white'><font size=1
face=Verdana><span style='font-size:9.0pt;font-family:Verdana'><br>
Hi Elena,<br>
<br>
as far as I can see from the neuromeg discussion list and the maxfilter papers
the properties of the components removed by the maxfilter do not require a
leadfield update.<br>
If you run into rank-deficiency issue with the covariance matrix a tiny amount
of regularization should fix this.<br>
(Note: If someone who reads this is of a different opinion, please let me
know!)<br>
<br>
<br>
Michael<o:p></o:p></span></font></p>

<div class=MsoNormal align=center style='text-align:center;background:white'><font
size=1 face=Verdana><span style='font-size:9.0pt;font-family:Verdana'>

<hr size=2 width="100%" align=center>

</span></font></div>

<p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt;background:white'><b><font
size=1 face=Verdana><span style='font-size:9.0pt;font-family:Verdana;
font-weight:bold'>Von:</span></font></b><font size=1 face=Verdana><span
style='font-size:9.0pt;font-family:Verdana'> "Elena Orekhova" <<a
href="mailto:Elena.Orekhova@neuro.gu.se">Elena.Orekhova@neuro.gu.se</a>><br>
<b><span style='font-weight:bold'>Gesendet:</span></b> May 30, 2011 4:30:34 PM<br>
<b><span style='font-weight:bold'>An:</span></b> "<st1:PersonName w:st="on">Email
 discussion list for the FieldTrip project</st1:PersonName>" <<a
href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a>><br>
<b><span style='font-weight:bold'>Betreff:</span></b> Re: [FieldTrip] SAM
beamforming on Neuromag data<o:p></o:p></span></font></p>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt;background:white'><font size=2
color=black face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;
color:black'>Thank you for this.<br>
<br>
I have more concerns.  I applied MaxFilter to the data. Since MaxFilter
reduces the rank of the covariance matrix by removing noisy components, it may
influence the beamformer results.<br>
Is it safe to do beamforming with MaxFiltered data?<br>
<br>
Elena<o:p></o:p></span></font></p>

<div>

<div class=MsoNormal align=center style='text-align:center;background:white'><font
size=3 color=black face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt;
color:black'>

<hr size=2 width="100%" align=center>

</span></font></div>

<div id=divRpF893554>

<p class=MsoNormal style='background:white'><b><font size=2 color=black
face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;color:black;
font-weight:bold'>From:</span></font></b><font size=2 color=black face=Tahoma><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;color:black'> <a
href="mailto:fieldtrip-bounces@donders.ru.nl">fieldtrip-bounces@donders.ru.nl</a>
[<a href="mailto:fieldtrip-bounces@donders.ru.nl">fieldtrip-bounces@donders.ru.nl</a>]
on behalf of Michael Wibral [<a href="mailto:michael.wibral@web.de">michael.wibral@web.de</a>]<br>
<b><span style='font-weight:bold'>Sent:</span></b> Monday, May 30, 2011 2:08 PM<br>
<b><span style='font-weight:bold'>To:</span></b> <st1:PersonName w:st="on">Email
 discussion list for the FieldTrip project</st1:PersonName><br>
<b><span style='font-weight:bold'>Subject:</span></b> Re: [FieldTrip] SAM
beamformeing on Neuromag data</span></font><font color=black><span
style='color:black'><br>
 <o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal style='background:white'><font size=3 color=black
face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt;color:black'> <o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt;background:white'><font size=3
color=black face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt;color:black'>Hi
Elena,<br>
<br>
as far as I know, the leadfield computation should be aware of the different
UNITS (not only scales) of gradiometers and magnetometers. There was a problem
with the sign of the leadfields but that should have been fixed.<br>
<br>
There is one more fundamental problem however, that you should be aware of (doesn't
invalidate your source analysis but bears potential for fine-tuning), which is
the projection of noise:<br>
In beamforming the unit gain constraint guarantees that you get your source
signal back with unit gain. Added on top however is neurophysiological
crosstalk (minimized) and sensor noise of the sensors with the largest weights
in your Beamformer (not reducible). So different sensor types willhave
different (inverse) leadfield strengths, theerfore also fiofefrent source noise
levels. the relative benefits of each sensor type changes from location to
location, so a location (and data) dependend weighting would in principle be
best.<br>
I am not sure if and how this is implemented if FT (Bayesian weighting would be
optimal here..)<br>
<br>
What you could do as a first step is to beam separately and compare the
results.<br>
<br>
Michael<br>
<br>
<o:p></o:p></span></font></p>

<div class=MsoNormal align=center style='text-align:center;background:white'><font
size=3 color=black face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt;
color:black'>

<hr size=2 width="100%" align=center>

</span></font></div>

<p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt;background:white'><b><font
size=3 color=black face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt;
color:black;font-weight:bold'>Von:</span></font></b><font color=black><span
style='color:black'> "Elena Orekhova" <<a
href="mailto:Elena.Orekhova@neuro.gu.se">Elena.Orekhova@neuro.gu.se</a>><br>
<b><span style='font-weight:bold'>Gesendet:</span></b> May 30, 2011 1:08:29 PM<br>
<b><span style='font-weight:bold'>An:</span></b> "<a
href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a>" <<a
href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a>><br>
<b><span style='font-weight:bold'>Betreff:</span></b> [FieldTrip] SAM
beamformeing on Neuromag data<o:p></o:p></span></font></p>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal style='background:white'><font size=2 color=black
face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;color:black'>@font-face
{ font-family: "\FF2D \FF33 \660E \671D "; }@font-face { font-family:
"\FF2D \FF33 \660E \671D "; }@font-face { font-family:
"Cambria"; }p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal { margin: 0cm
0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Cambria; }pre { margin: 0cm 0cm
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font-family: Courier; }.MsoChpDefault { font-family: Cambria; }div.WordSection1
{ page: WordSection1; }@font-face { font-family: "\FF2D \FF33 \660E \671D
"; }@font-face { font-family: "Cambria Math"; }@font-face {
font-family: "Cambria"; }p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal {
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0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: Courier;
}span.HTMLPreformattedChar { font-family: Courier; }.MsoChpDefault {
font-family: Cambria; }div.WordSection1 { page: WordSection1; }<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;
background:white'><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt;color:black'>Dear All,<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;
background:white'><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt;color:black'>I try to run beamformer analysis on the
auditory MEG data (Neuromag) and have basic questions.<o:p></o:p></span></font></p>

<div>

<p class=MsoNormal style='background:white'><font size=2 color=black
face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;color:black'> <o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;
background:white'><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt;color:black'>1.Magnetometers and gradiometers Neuromag
sensors have different scales. Does the Fieldtrip take care of this difference
or should I normalize the data?   It yes, how to  normalize?<o:p></o:p></span></font></p>

<div>

<p class=MsoNormal style='background:white'><font size=2 color=black
face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;color:black'> <o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<pre style='background:white'><font size=3 color=black face=Cambria><span
style='font-size:12.0pt;font-family:Cambria;color:black'>2. I would like to do SAM analysis  of evoked field and look at the time courses at ROIs  (virtual channels).  The only tutorial example I have found was for the lcmv-beamformer <o:p></o:p></span></font></pre><pre
style='background:white'><font size=3 color=black face=Cambria><span
style='font-size:12.0pt;font-family:Cambria;color:black'>(cfg.method = 'lcmv'; <a
href="http://fieldtrip.fcdonders.nl/example/lcmv-beamformer)">http://fieldtrip.fcdonders.nl/example/lcmv-beamformer)</a>. I am not sure <o:p></o:p></span></font></pre><pre
style='background:white'><font size=3 color=black face=Cambria><span
style='font-size:12.0pt;font-family:Cambria;color:black'>which parameters should I specify in ft_sourceanalysis if cfg.method = 'sam'.   </span></font><font
color=black><span style='color:black'><o:p></o:p></span></font></pre><pre
style='background:white'><font size=2 color=black face="Courier New"><span
style='font-size:10.0pt;color:black'><o:p> </o:p></span></font></pre><pre
style='background:white'><font size=3 color=black face=Cambria><span
style='font-size:12.0pt;font-family:Cambria;color:black'> </span></font><font
color=black><span style='color:black'><o:p></o:p></span></font></pre><pre
style='background:white'><font size=3 color=black face=Cambria><span
style='font-size:12.0pt;font-family:Cambria;color:black'>I would be most grateful for any example script of this type analysis!</span></font><font
color=black><span style='color:black'><o:p></o:p></span></font></pre><pre
style='background:white'><font size=3 color=black face=Cambria><span
style='font-size:12.0pt;font-family:Cambria;color:black'> </span></font><font
color=black><span style='color:black'><o:p></o:p></span></font></pre><pre
style='background:white'><font size=3 color=black face=Cambria><span
style='font-size:12.0pt;font-family:Cambria;color:black'>Regards, </span></font><font
color=black><span style='color:black'><o:p></o:p></span></font></pre><pre
style='background:white'><font size=3 color=black face=Cambria><span
style='font-size:12.0pt;font-family:Cambria;color:black'>Elena</span></font><font
color=black><span style='color:black'><o:p></o:p></span></font></pre>

<div>

<p class=MsoNormal style='background:white'><font size=2 color=black
face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;color:black'> <o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><o:p> </o:p></span></font></p>

<span style='orphans: 2;text-align:auto;widows: 2;-webkit-border-horizontal-spacing: 0px;
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0px'><span style='orphans: 2;widows: 2;-webkit-border-horizontal-spacing: 0px;
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<div>

<p class=MsoNormal><font size=4 color=black face=Helvetica><span
style='font-size:13.5pt;font-family:Helvetica;color:black'><br>
________________________________________________________<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal style='margin-bottom:13.5pt'><font size=4 color=black
face=Helvetica><span style='font-size:13.5pt;font-family:Helvetica;color:black'>Stephan
Moratti, PhD<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal style='margin-bottom:13.5pt'><font size=4 color=black
face=Helvetica><span style='font-size:13.5pt;font-family:Helvetica;color:black'>see
also: <a href="http://web.me.com/smoratti/">http://web.me.com/smoratti/</a><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=4 color=black face=Helvetica><span
style='font-size:13.5pt;font-family:Helvetica;color:black'>Department of Basic
Psychology<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=4 color=black face=Helvetica><span
style='font-size:13.5pt;font-family:Helvetica;color:black'>Universidad
Complutense de Madrid<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=4 color=black face=Helvetica><span
style='font-size:13.5pt;font-family:Helvetica;color:black'><o:p> </o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=4 color=black face=Helvetica><span
style='font-size:13.5pt;font-family:Helvetica;color:black'>Centro de Tecnología
Biomédica CBT,<br>
Universidad Politécnica de Madrid,<br>
<br>
en la actualidad (currently at) en el<br>
Centro de Magnetoencefalografía Dr. Perez Modrego,<br>
Universidad Complutense de Madrid,<br>
Faculdad de Medicina,<br>
Pabellón 8,<br>
Avda. Complutense, s/n,<br>
28040 Madrid,<br>
Spain,<br>
<br>
email: <a href="mailto:smoratti@psi.ucm.es">smoratti@psi.ucm.es</a><br>
Tel.:    +34 91 394 2186<br>
Fax.:   +34 91 394 2294<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</span>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><o:p> </o:p></span></font></p>

</span></div>

</span></span></span></div>

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