<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><div id="yiv1429399256"><table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" id="yiv1429399256bodyDrftID" class="yiv1429399256"><tbody><tr><td id="yiv1429399256drftMsgContent" style="font:inherit;font-family:arial;font-size:10pt;"><div id="yiv1429399256"><style type="text/css"><!--#yiv1429399256  DIV {margin:0px;}--></style><div>
<div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-family:times, serif;font-size:12pt;">Hi, </div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-family:times, serif;font-size:12pt;"><br></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-family:times, serif;font-size:12pt;">I am having trouble generating leadfields for source analysis.  I am using data from a 4D magnetometer system (Magnes 3600), at St. Louis University.</div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-family:times, serif;font-size:12pt;"><br></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-family:times, serif;font-size:12pt;">The data is averged time domain data.
  The volume conductor is a single shell model generated from the headshape file(~4000 vert. and 8000 triangles).  I have vizualized the volume conductor, sensors, and "inside" grid and they appear to be in the correct locations relative to each other.  I have performed this analysis using the default source space for 4D ('m') and I have tried it scaling the headshape and sensors into cm to conform with the ctf source space.   Below is part of my code and the warning thrown by matlab.  After the calculation of the leadfields, it is apparent that they are all NaN's, so I am unable to generate source activations.</div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-family:times, serif;font-size:12pt;"><br></div><div><div><font class="yiv1429399256Apple-style-span" face="times, serif">cfg = [];</font></div><div><font class="yiv1429399256Apple-style-span" face="times, serif">cfg.headshape = shape;</font></div><div><font
 class="yiv1429399256Apple-style-span" face="times, serif">shape.pnt = shape.pnt*100;</font></div><div><font class="yiv1429399256Apple-style-span" face="times, serif">shape.unit  =
 'cm';</font></div><div><font class="yiv1429399256Apple-style-span" face="times, serif">[vol,cfg] = ft_prepare_singleshell(cfg)</font></div></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-family:times, serif;font-size:12pt;"><br></div><div><font class="yiv1429399256Apple-style-span" face="times, serif">cfg                 = [];</font></div><div><font class="yiv1429399256Apple-style-span" face="times, serif">cfg.grad            = avg.grad; </font></div><div><font class="yiv1429399256Apple-style-span" face="times, serif">cfg.grad.pnt = cfg.grad.pnt*100;</font></div><div><font class="yiv1429399256Apple-style-span" face="times, serif">cfg.grad.unit  = 'cm';</font></div><div><font class="yiv1429399256Apple-style-span" face="times, serif">cfg.vol             = vol;</font></div><div><font class="yiv1429399256Apple-style-span" face="times,
 serif">cfg.sourceunits = 'cm';</font></div><div><font class="yiv1429399256Apple-style-span" face="times,
 serif">cfg.coordsys   = 'ctf';</font></div><div><font class="yiv1429399256Apple-style-span" face="times, serif">cfg.reducerank      ='no';  </font></div><div><font class="yiv1429399256Apple-style-span" face="times, serif">cfg.channel         = {'MEG'};</font></div><div><font class="yiv1429399256Apple-style-span" face="times, serif">cfg.grid.resolution = 2</font></div><div><font class="yiv1429399256Apple-style-span" face="times, serif">[vol, sens] = ft_prepare_vol_sens(vol, cfg.grad)</font></div><div><font class="yiv1429399256Apple-style-span" face="times, serif">[grid] = ft_prepare_leadfield(cfg)</font><font class="yiv1429399256Apple-style-span" face="times, serif" size="3">   </font></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-family:times, serif;font-size:12pt;"><br></div><div><div><font class="yiv1429399256Apple-style-span" face="times, serif">>> [grid] =
 ft_prepare_leadfield(cfg)</font></div><div><font class="yiv1429399256Apple-style-span" face="times, serif">using headmodel
 specified in the configuration</font></div><div><font class="yiv1429399256Apple-style-span" face="times, serif">using gradiometers specified in the configuration</font></div><div><font class="yiv1429399256Apple-style-span" face="times, serif">computing surface normals</font></div><div><font class="yiv1429399256Apple-style-span" face="times, serif">Warning: Matrix is singular, close to singular or badly scaled.   <<<<<<<<<<</font></div><div><font class="yiv1429399256Apple-style-span" face="times, serif">         Results may be inaccurate. RCOND = NaN. </font></div><div><font class="yiv1429399256Apple-style-span" face="times, serif">> In forward/private/meg_ini>getcoeffs at 111</font></div><div><font class="yiv1429399256Apple-style-span" face="times, serif">  In forward/private/meg_ini at 53</font></div><div><font class="yiv1429399256Apple-style-span" face="times, serif">  In
 ft_prepare_vol_sens at 275</font></div><div><font class="yiv1429399256Apple-style-span" face="times,
 serif">  In fieldtrip-20110507/private/prepare_headmodel at 114</font></div><div><font class="yiv1429399256Apple-style-span" face="times, serif">  In ft_prepare_leadfield at 150</font></div><div><font class="yiv1429399256Apple-style-span" face="times, serif">creating dipole grid based on automatic 3D grid with specified resolution</font></div><div><font class="yiv1429399256Apple-style-span" face="times, serif">3528 dipoles inside, 0 dipoles outside brain</font></div><div><font class="yiv1429399256Apple-style-span" face="times, serif">making tight grid</font></div><div><font class="yiv1429399256Apple-style-span" face="times, serif">3528 dipoles inside, 0 dipoles outside brain</font></div><div><font class="yiv1429399256Apple-style-span" face="times, serif">computing leadfield</font></div><div><font class="yiv1429399256Apple-style-span" face="times, serif">computing leadfield 1/3528</font></div><div><font class="yiv1429399256Apple-style-span"
 face="times, serif">computing leadfield 2/3528</font></div><div><font class="yiv1429399256Apple-style-span" face="times,
 serif">computing leadfield 3/3528</font></div><div><font class="yiv1429399256Apple-style-span" face="times, serif">computing leadfield 4/3528 ......</font></div></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-family:times, serif;font-size:12pt;"><br></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-family:times, serif;font-size:12pt;"><br></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-family:times, serif;font-size:12pt;">The leadfield data generated is a matrix of NaN's, which appear to be an issue when evaluating bas and gradbas in the get_coeffs subfunction  <span class="yiv1429399256Apple-style-span" style="font-size:medium;">[bas,gradbas]=legs(x1,n1,order,scale).</span></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-family:times, serif;font-size:12pt;"><span class="yiv1429399256Apple-style-span" style="font-size:medium;"><br></span></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-family:times, serif;font-size:12pt;"><span class="yiv1429399256Apple-style-span"
 style="font-size:medium;">Does anyone know how to resolve this issue? Any help will be greatly appreciated.</span></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-family:times, serif;font-size:12pt;"><span class="yiv1429399256Apple-style-span" style="font-size:medium;"><br></span></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-family:times, serif;font-size:12pt;"><span class="yiv1429399256Apple-style-span" style="font-size:medium;">Thanks,<br>Jeff Stout</span></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-family:times, serif;font-size:12pt;"><span class="yiv1429399256Apple-style-span" style="font-size:medium;"><br></span></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-family:times, serif;font-size:12pt;"><span class="yiv1429399256Apple-style-span" style="font-size:medium;"><br></span></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-family:times, serif;font-size:12pt;"><span class="yiv1429399256Apple-style-span" style="font-size:medium;"><br></span></div><div style="color:rgb(0, 0,
 0);font-family:times, serif;font-size:12pt;"><span class="yiv1429399256Apple-style-span" style="font-size:medium;"><br></span></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-family:times, serif;font-size:12pt;"><span class="yiv1429399256Apple-style-span" style="font-size:medium;"><br></span></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-family:times, serif;font-size:12pt;"><span class="yiv1429399256Apple-style-span" style="font-size:medium;"><br></span></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-family:times, serif;font-size:12pt;"><br></div><div style="font-family:times, serif;color:rgb(0, 0, 0);font-size:12pt;"><font class="yiv1429399256Apple-style-span" face="'times new roman', 'new york', times, serif"><br></font></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-family:times, serif;font-size:12pt;"></div>


<div class="yiv1429399256ugdv_contextMenu" id="yiv1429399256ugdv_myMenu" style="display:none;"><ul id="yiv1429399256ugdv_contextMenu"><li id="yiv1429399256ugdv_menuItem_google_docs">Open in Google Docs Viewer</li><li id="yiv1429399256ugdv_menuItem_new_tab">Open link in new tab</li><li id="yiv1429399256ugdv_menuItem_new_window">Open link in new window</li><li id="yiv1429399256ugdv_menuItem_new_incognito">Open link in new incognito window</li><li class="yiv1429399256ugdv_seperator"></li><li id="yiv1429399256ugdv_menuItem_download_file">Download file</li><li id="yiv1429399256ugdv_menuItem_copy">Copy link address</li><li id="yiv1429399256ugdv_menuItem_editpdf">Edit PDF File on <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://PDFescape.com">PDFescape.com</a></li></ul></div><div id="yiv1429399256ugdv_jqContextMenu" style="display:none;"></div><div style="background-color:rgb(0, 0, 0);display:none;"></div></div><div style="font-size:12pt;font-family:times,
 serif;"></div></div></div></td></tr></tbody></table></div></td></tr></table>