
<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Mehmet,<div><br></div><div>As a follow on to that last email, if these are MEG gradiometer data, don't forget to add 'reducerank', 2 to your call to ft_compute_leadfields. Otherwise, your leadfields will be incorrect.</div><div><br></div><div>Don</div><div><br><div><div>On Mar 31, 2011, at 1:38 AM, jan-mathijs schoffelen wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Mehmet,<div><br></div><div>I forward this to the mailing list, so that people can participate in the thread. </div><div><br></div><div>I do not fully understand where the orientation information in the vol comes from. The description of the volume conductor is namely a geometrical object, containing either a (set of) triangulated surface(s), to describe compartment boundaries, or the description of a (set of) sphere(s), with an origin and a radius.</div><div>The outcome of the dipolefitting algorithm gives you a field, called dip.mom, describing the dipole moment as a function of time. At each time point, the three numbers reflect the instantaneous orientation of the dipole. Since you are working with MEG, I assume that the orientation of this dipole is actually defined on a plane, because we routinely suppress the component with the most radial orientation from the leadfield. One way of reducing the dimension is to check whether there is a single dominant orientation over time. This can be achieved by doing a pca (or svd) of dip.mom. The ratio of the first two singular values specifies how well the dipole can be approximated as one having a fixed orientation. The left singular vectors give you the projection vectors, and thus specify the orientation. In other words [u,s,v] = svd(dip.mom). if s(1,1) >> s(2,2), one could justify to use u(:,1) as the 'orientation' of the corresponding dipole.</div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>Jan-Mathijs</div><div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br><div>Begin forwarded message:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="3" color="#000000" style="font: 12.0px Helvetica; color: #000000"><b>From: </b></font><font face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica">Mehmet-Akif Coskun <<a href="mailto:mcoskun@mail.uh.edu">mcoskun@mail.uh.edu</a>></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="3" color="#000000" style="font: 12.0px Helvetica; color: #000000"><b>Date: </b></font><font face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica">March 31, 2011 8:57:30 AM GMT+02:00</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="3" color="#000000" style="font: 12.0px Helvetica; color: #000000"><b>To: </b></font><font face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica">jan-mathijs schoffelen <<a href="mailto:jan.schoffelen@donders.ru.nl">jan.schoffelen@donders.ru.nl</a>></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="3" color="#000000" style="font: 12.0px Helvetica; color: #000000"><b>Subject: </b></font><font face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica"><b>Dipole time course</b></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><br></div> </div><pre>Hi Jan,</pre><pre>Thanks for all your help. I am really close to get the dipole time courses. Everything looks fine in terms of reading data, preprocessing, creating headmodel and fitting a dipole. The last part is to obtain a dipole time course.</pre><pre><br></pre><pre>I actually read through the previous emails in discussion list and followed the advices. I used the code below to obtain the leadfield and then project the pinv'ed leadfield onto ERF to get the dipole course. But the leadfield is 3D so i get 3 time courses.</pre><pre>% prepare leadfield cfg=[]; cfg.grad= hdr.grad; cfg.vol=vol; cfg.channel='MEG'; cfg.grid.pos=dipM50.dip.pos;</pre><pre>[grid_ft_segment2]=ft_prepare_leadfield(cfg);</pre><pre><br></pre><pre>In the email below, you suggested to an other user to multiply the 3D leadfields with the orientation estimated by the dipole fit. I checked the outcome of the dipole but there wasn't any orientation information. However, i checked the vol structure which has the orientation and multiply 3D leadfields with vol.ori and then project 1d leadfield onto ERF. I got a nice looking time course. I just wonder whether what i did is meaningful.</pre><pre><br></pre><pre>Thanks</pre><pre>Mehmet</pre><pre><br></pre><pre>P.S= Below is your previous email</pre><pre>I suspect that the 'orientation' onto which the pca projects the dipoles is not optimal. Perhaps you might want to try the other way, i.e. compute the leadfields in 1D, either by specifying something in cfg.grid.mom (or ori, I keep forgetting) before calling prepare_leadfield, or by postmultiplying the 3D leadfields with the orientation as estimated by the dipole fit.</pre>

</blockquote></div><br><div apple-content-edited="true"> <span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Dr. J.M. (Jan-Mathijs) Schoffelen </div><div>Donders Institute for Brain, Cognition and Behaviour, <br>Centre for Cognitive Neuroimaging,<br>Radboud University Nijmegen, The Netherlands</div><div><a href="mailto:J.Schoffelen@donders.ru.nl">J.Schoffelen@donders.ru.nl</a></div><div>Telephone: 0031-24-3614793</div></div></span></div></span> </div><br></div></div>_______________________________________________<br>fieldtrip mailing list<br><a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</blockquote></div><br><div>

<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">-----------------------<br>Don Rojas, Ph.D.<br>Associate Professor of Psychiatry<br>U. of Colorado Denver Anschutz Medical Campus<br>Director, UCD Magnetoencephalography Lab<br>13001 E. 17th Pl F546<br>Aurora, CO 80045<br>303-724-4994</div></span></span>

</div>

<br></div></body></html>