<div dir="ltr">So just run the commands on an unaveraged dataset.<br><br>Another option to consider is the one used by Dr. Robinson when performing SAMerf (we have his tool <a href="http://yuval-harpaz.github.com/SAM_BIU/">here</a>, works for our 4D machine).<br>

The idea is to calculate the covariance on all trials, calculate weights by this covariance (keep filter in LCMV) and then apply these weights on the averaged data. I found it useful because the covariance is better for longer datasets, and the averaging in the end increases the signal to noise ratio. I do not know exactly how to do it in fieldtrip.<br>

<br><div class="gmail_quote">On 22 March 2011 10:43, Jean-Michel Badier <span dir="ltr"><<a href="mailto:jean-michel.badier@univmed.fr">jean-michel.badier@univmed.fr</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">



  
    
  
  <div text="#000000" bgcolor="#ffffff">
    Dear Yuval,<br>
    <br>
    I have to admit that I did not look at the matlab routines.<br>
    In item 2 I suppose that the covariance is calculated for each trial
    then averaged. In item 3 I would like to calculate the covariance
    from all the signal (the trials being concatenated).<br>
    <br>
    Jean-Michel<br>
    <br>
    Le 22/03/11 05:47, Yuval Harpaz a écrit :
    <div><div></div><div class="h5"><blockquote type="cite">
      <div dir="ltr">Dear Jean Michel
        <div>As far as I know you can do it on an averaged data
          structure (item 1) or do the same with the data structure
          before averaging (3). I did not understand what you meant by
          2. </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Yuval<br>
          <br>
          <div class="gmail_quote">On 21 March 2011 22:58, Jean-Michel
            Badier <span dir="ltr"><<a href="mailto:jean-michel.badier@univmed.fr" target="_blank">jean-michel.badier@univmed.fr</a>></span>
            wrote:<br>
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
              <div text="#000000" bgcolor="#ffffff"> Dear fieldtrip
                users,<br>
                <br>
                There are different ways of estimating the covariance
                for LCMV calculation.<br>
                If I am correct: <br>
                <br>
                1. As suggested in one of the tutorial one can apply the
                calculation of the covariance directly on the average
                data (for the different periods of interest that are at
                least a base line and the period of interest).<br>
                <br>
                2. Estimate the covariance from the average of the
                covariance rather than the covariance of the average
                using cfg.keeptrials = "yes"<br>
                <br>
                3. Estimate the covariance from the whole trials
                concatenated together. <br>
                Is there an easy way to do that in fieldtrip (beside
                create a new data set of one trial constituted of all
                the trials)?<br>
                <br>
                Thanks<br>
                <br>
                Jean-Michel<br>
                <br>
                <div>
                  <address>-- </address>
                  <address style="margin-bottom: 0cm;">Jean-Michel
                    Badier PhD</address>
                  <address style="margin-bottom: 0cm;"><br>
                  </address>
                  <address style="margin-bottom: 0cm;" align="LEFT"><font color="#000000"><font face="Times Roman, serif"><font size="3">Laboratoire
                          de MagnétoEncéphaloGraphie</font></font></font></address>
                  <address style="margin-bottom: 0cm;" align="LEFT"><font color="#000000"><font face="Times Roman, serif"><font size="3">INSERM
                          U751. Aix Marseille Université</font></font></font></address>
                  <address style="margin-bottom: 0cm;" align="LEFT"><font color="#000000"><font face="Times Roman, serif"><font size="3">33
                          (0)4 91 38 55 62 </font></font></font></address>
                  <address style="margin-bottom: 0cm;" align="LEFT"><a href="mailto:jean-michel.badier@univmed.fr" target="_blank"><font color="#000af1"><font face="Times Roman, serif"><font size="3"><u>jean-michel.badier@univmed.fr</u></font></font></font></a></address>
                  <address style="margin-bottom: 0cm;" align="LEFT"><br>
                  </address>
                  <address style="margin-bottom: 0cm;" align="LEFT"><font color="#000000"><font face="Times Roman, serif"><font size="2"><font color="#000000"><font face="Times Roman, serif"><font size="2">Service

                                de Neurophysiologie Clinique. </font></font></font>CHU

                          Timone</font></font></font></address>
                  <address style="margin-bottom: 0cm;" align="LEFT"><font color="#000000"><font face="Times Roman, serif"><font size="2">264
                          Rue Saint-Pierre, 13005 Marseille-France</font></font></font></address>
                  <address style="margin-bottom: 0cm;" align="LEFT"><br>
                  </address>
                  <p style="margin-bottom: 0cm;"><br>
                  </p>
                </div>
              </div>
              <br>
              _______________________________________________<br>
              fieldtrip mailing list<br>
              <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
              <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
            </blockquote>
          </div>
          <br>
          <br clear="all">
          <br>
          -- <br>
          <div dir="ltr">Y.Harpaz<br>
            <br>
            a link to the BIU MEG lab:<br>
            <a href="http://faculty.biu.ac.il/%7Egoldsa/index.html" target="_blank">http://faculty.biu.ac.il/~goldsa/index.html</a>
            <div>
              <div><br>
              </div>
              <div> " Why, Dan," ask the people in Artificial
                Intelligence, "do you waste your time conferring with
                those neuroscientists? They wave their hands about
                information  processing and worry about where it
                happens, and which neurotransmitters are  involved, and
                all those boring facts, but they haven't a clue about
                the computational requirements of higher
                cognitive functions."  "Why," ask the neuroscientists,
                "do you waste your time on the fantasies of Artificial
                Intelligence? They just invent whatever machinery they
                want, and say unpardonably ignorant things about the
                brain." The  cognitive psychologists, meanwhile, are
                accused of concocting models with neither biological
                plausibility nor proven computational powers; the
                anthropologists wouldn't know a model if they saw one,
                and the philosophers, as we all know, just take in each
                other's laundry, warning about confusions they
                themselves have created, in an arena bereft of both data
                and empirically testable theories. With so many idiots
                working on the problem, no wonder consciousness is
                still a mystery.<i> Philosopher Daniel Dennet,
                  consciousness explained, pp. 225</i></div>
            </div>
          </div>
          <br>
        </div>
      </div>
      <pre><fieldset></fieldset>
_______________________________________________
fieldtrip mailing list
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a></pre>
    </blockquote>
    <br>
    <div>
      <p style="margin-bottom: 0cm;" align="LEFT"><br>
      </p>
      <p style="margin-bottom: 0cm;"><br>
      </p>
    </div>
  </div></div></div>

<br>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr">Y.Harpaz<br>

<br>a link to the BIU MEG lab:<br><a href="http://faculty.biu.ac.il/%7Egoldsa/index.html" target="_blank">http://faculty.biu.ac.il/~goldsa/index.html</a><div><div><br></div><div> " Why, Dan," ask the people in Artificial Intelligence, "do you waste your time conferring with those neuroscientists? They wave their hands about information  processing and worry about where it happens, and which neurotransmitters are  involved, and all those boring facts, but they haven't a clue about the computational requirements of higher cognitive functions."  "Why," ask the neuroscientists, "do you waste your time on the fantasies of Artificial Intelligence? They just invent whatever machinery they want, and say unpardonably ignorant things about the brain." The  cognitive psychologists, meanwhile, are accused of concocting models with neither biological plausibility nor proven computational powers; the anthropologists wouldn't know a model if they saw one, and the philosophers, as we all know, just take in each other's laundry, warning about confusions they themselves have created, in an arena bereft of both data and empirically testable theories. With so many idiots working on the problem, no wonder consciousness is still a mystery.<i> Philosopher Daniel Dennet, consciousness explained, pp. 225</i></div>

</div></div><br>
</div>