Hi FieldTrippers,<div><br></div><div>I know there have been quite a few PLV/coherence emails on this list. I've searched the archives extensively and have attempted this on my own for a while now, but even using all the info I gathered from the archives I haven't succeeded in running any PLV (or coherence) analyses.</div>




<div><br></div><div>Here's what I'm hoping to accomplish by posting here: I'd appreciate any advice about how to correctly run analyses for a within-subjects (32 subj) experiment comparing PLV between 2 conditions that every subject ran in, looking at specific times and frequencies (and/or using cluster stats—though I have no idea how to deal with so many pairwise cohrefchannel+channel combinations, but I'm re-reading Maris et al., 2007 tonight).</div>




<div><br></div><div>Here's my issue: I've had a difficult time implementing PLV analyses, particularly stats, and I don't know if/where I should z-transform PLV. I can calculate PLV by running ft_freqanalysis and then ft_connectivityanalysis, but I can't do anything with the output. Well, I shouldn't say I can't do *anything* with the output: if I run ft_freqanalysis with cfg.method='mtmconvol' I can plot the data for one channel and a cohrefchannel using ft_singleplotTFR, but I can't run the PLV data through ft_freqstatistics. Also, I've found that cfg.method='wavelet' does not produce any cases where I can plot PLV (using both powandcsd and fourier; I feel like I know the technical difference between the powandcsd and fourier options, but I don't know how they functionally differ for running analyses in FT).</div>




<div><br></div><div>To be more specific about these cases where I've been able to plot PLV, I've used these options for ft_freqanalysis (plus specifics for each method like toi, foi, etc.), and then ran it through ft_connectivityanalysis with cfg.method='plv':</div>




<div>cfg_freq = [];</div><div>cfg_freq.method='mtmconvol';</div><div><div>cfg_freq.output = 'fourier';</div><div>cfg_freq.keeptrials = 'yes';</div><div>cfg_freq.keeptapers = 'yes';</div></div>




<div><div>cfg_freq.channelcmb = {'E3','E60';'E3','E62';'E11','E60';'E11','E62'}; % when debugging, only calculate for a few channels</div></div><div>and</div>




<div><div>cfg_freq = [];</div></div><div><div>cfg_freq.method='mtmconvol';</div><div><div>cfg_freq.output = 'powandcsd';</div><div>cfg_freq.keeptrials = 'no';</div><div>cfg_freq.keeptapers = 'no';</div>




</div></div><div><div><div>cfg_freq.channelcmb = {'E3','E60';'E3','E62';'E11','E60';'E11','E62'}; % when debugging, only calculate for a few channels</div></div>




</div><div><br></div><div>I can't tell if I'm doing something wrong or if there are bugs in the FT scripts when processing the label, labelcmb, and dimord fields. I posted about errors/crashes regarding these fields on bugzilla a few weeks ago <<a href="http://bugzilla.fcdonders.nl/show_bug.cgi?id=480" target="_blank">http://bugzilla.fcdonders.nl/show_bug.cgi?id=480</a>> when I was a little less educated about these analyses, but I haven't progressed in coding up my own analyses; I've only made a lot of fruitless attempts. People on this list seem to be successfully running PLV/coherence analyses, so I can only guess that the problem is on my end. Once I get it figured out I'd be happy to write a baseic tutorial for the FT wiki.</div>




<div><br></div><div>TL;DR: any advice on a viable PLV/coherence within-subjects workflow would be much appreciated.</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Matt</div><div><br></div><div>P.S. I'm attaching a text file noting success and failures of FT functions for iterations of wavelet/mtmconvol and powandcsd/fourier and keeptrials/keeptapers=yes/no. It's a lot of details, and you probably shouldn't feel the need to read though it unless you're debugging. I've tried to visually separate the iterations with equals signs, and the functions within an iteration with hyphens.</div>