
<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Dear Jen,<div><br></div><div>I do not manage to reproduce your issue, when only focussing on the ft_volumewrite and visualization part of your pipeline. See attached script, and yet an updated version of ft_volumewrite which you need to (hopefully) draw the same conclusion as I did.</div><div>Yet, I only now realize that your question may pertain to the entire pipeline. It could be that something is going wrong there. </div><div>I only see now that in the part of your script of which you reported that it gave 'good' results, you specify cfg.coordinates = 'ctf' before calling ft_volumenormalise. I assume this is correct, because the coordinate system your source-reconstructed data lives in, is according to the CTF-convention, and not according to the SPM-convention. On the other hand, the template for the spatial normalization lives in the SPM-coordinate system. In order for the spatial normalization to work OK, Fieldtrip tries to convert from one coordinate system to the other (once again, this is appropriate behaviour), before doing the actual normalization. It seems that at least in the script you sent along, in the final (not working version), you specified cfg.coordinates = 'spm' prior to calling ft_volumenormalise. This is probably wrong.</div><div>Another important point that should be mentioned, is that the coordinate systems in which the functional data and the anatomical data live should be the same for the ft_sourceinterpolate to make sense. In other words, if your source reconstructed images are defined on a 3D grid of positions in CTF-space, the mri.transform of your anatomy should describe a transformation from voxel to CTF-space.</div><div>I think you may want to revisit step by step this part of the pipeline; I don't think the problem lies in the writing.</div><div>A final possibility of course is that Mricron is misbehaving...</div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>Jan-Mathijs</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div></div><span></span></body></html>