Dear Patricia, <div><br></div><div>Your alpha seems a little bit low, why taking 0.01/7= 0.0014 ? </div><div>I may be wrong but i guess that a fdr correction on a such value of alpha will be very hard with your data.</div>
<div><br></div><div>Rodolphe N., PhD.<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jan 24, 2011 at 10:47 AM, Patricia Wollstadt <span dir="ltr"><<a href="mailto:Patricia.Wollstadt@gmx.de">Patricia.Wollstadt@gmx.de</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">Dear Fieldtrip-users,<br>
<br>
I'm currently trying to calculate freqstatistics for four experimental groups, using the following options:<br>
<br>
groupSize=[length(subjects{1}) length(subjects{2}) length(subjects{3}) length(subjects{4})];<br>
<br>
design = [1:groupSize(1)+groupSize(2)+groupSize(3)+groupSize(4)];            % 1 to N subjects<br>
design(2,:) = [ones(1,groupSize(1)) 2*ones(1,groupSize(2)) 3*ones(1,groupSize(3)) 4*ones(1,groupSize(4))]; % indep var -> group membership<br>
<br>
<br>
cfg=[];<br>
cfg.design=design;<br>
cfg.uvar = 1;<br>
cfg.ivar = 2;<br>
cfg.method = 'montecarlo';<br>
cfg.statistic = 'indepsamplesF';<br>
cfg.correctm = 'fdr';<br>
cfg.numrandomization = 180000;<br>
cfg.alpha = 0.01/7;<br>
cfg.tail = 1;<br>
cfg.design = design;<br>
cfg.channels = myChannels;<br>
cfg.avgovertime = 'yes';<br>
cfg.avgoverfreq = 'yes';<br>
cfg.frequency = [1 3];<br>
<br>
stat = ft_freqstatistics(cfg, group1avg, group2avg, group3avg, group4avg);<br>
<br>
With these settings, the coputation itself runs fine, but the resulting  'prob'-matrix contains only zeros (accordingly the 'mask'-matrix consists of only ones). This would mean, that I found significant effects for all channels. Is this possible or rather due to an error somewhere in my script? Is it likely, that these are 'real' zeroes or rather very small values, close to zero?<br>

Any hints and suggestions are very welcome, thank you in advance,<br>
<br>
Kind regards<br>
<br>
Patricia Wollstadt<br>
<font color="#888888"><br>
<br>
--<br>
GMX DSL Doppel-Flat ab 19,99 Euro/mtl.! Jetzt mit<br>
gratis Handy-Flat! <a href="http://portal.gmx.net/de/go/dsl" target="_blank">http://portal.gmx.net/de/go/dsl</a><br>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
</font></blockquote></div><br></div>