Hello,<br><div class="gmail_quote"><br>I'm new in Fieldtrip and I find myself needed of some help :)<br>I'm currently analysing some MEG data (4D-Neuroimaging, Magnes 2500WH) and trying to create a Single-Shell headmodel using a segmented mri.<br>

. I've read all the documentation on FT website but I'm still stuck. The volume never fits in the correct position inside the sensor helmet.<br>
<br>First of all, I create a segmented MRI  using Analyse images (.img'), and the segmentation is performed using:<br>cfg.coordinates  = 'spm';<br>
cfg.template     = 'C:\...\MATLAB\R2007a\toolbox\spm2\templates\T1.mnc';<br>segmentedmri = ft_volumesegment (cfg, mri);<br>segmentedmri.anatomy = mri.anatomy;    <--- I use that for posterior volumerealign.<br>


<br>Then, I do a volumerealign by selecting manually the fiducial points (Nas, Lpa, Rpa), as I actually don't have fiducials on the MRI scans.<br>cfg.method = 'realignfiducial';<br>cfg.fiducial.nas = Nas;  <--- (I get this from headshape.fid)<br>


cfg.fiducial.lpa = Lpa;<br>cfg.fiducial.rpa = Rpa;<br>segmented_r = ft_volumerealign (cfg, segmentedmri);<br><br><br>Finally I create a volume through the ft_prepare_singleshell (cfg, segmented_r) function and plot it.<br>

I have the fiducials or head position coils and the scalp registered by means of a Polhemus digitizer..<br>
Though the segment via ft_sourceplot (doing the: segment.avg.pow = segment.gray+...) looks right, the headmodelplot shows that the volume and the headshape don't fit.<br><br>Is there any possibility to realign the segmented mri according either to the headshape points either to the MEG fiducials? I'm afraid the answer is no in both cases (as the MRI  and MEG coordinates are different). I tried to realign the segment interactively by selecting the positions where the coils in the MRI should be... but as the picture shows, it doesn't fit.<br>


am I doing something wrong or skipping some important step?<br>Is it possible to transform MRI coordinate system to MEG-head coordinate system? Would it help?<br><br><br><img title="singleshell.jpg" alt="singleshell.jpg" src="cid:ii_128699190f5c04a6"><img title="singleshell2.jpg" alt="singleshell2.jpg" src="cid:ii_128699344c335f1f"><br>


I attach a picture of what i've managed to do till now!<br><br><br><br>Thanks for all!!!<br><font color="#888888"></font></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Marc Recasens<br>Tel.: +34 639 24 15 98<br><br>
<p>----------------------------------</p>
<p>The aim of this list is to facilitate the discussion between users of the FieldTrip  toolbox, to share experiences and to discuss new ideas for MEG and EEG analysis.</p>
<p>  http://listserv.surfnet.nl/archives/fieldtrip.html</p>
<p>  http://www.ru.nl/fcdonders/fieldtrip/</p>