<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

<head>

<meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=ISO-8859-1">

</head>

<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">

Hi <br>

<br>

I have been using the new <b>SPM mesh</b> (fitted to the individual

MRI by the inverse transformation matrix of MRI -> MNI) <b>for

creating forward models for source-analysis for CTF data in fieldtrip.</b><br>

<br>

That works quite well, however, when trying to plot the results in

fieldtrip I face the problem that the <b>sources and the MRI </b>(read

into

fieldtrip

using read_mri and the SPM8 toolbox) <b>have different

coordinate systems</b>.<br>

<br>

How can I recompute the coordinates of the MRI so that it is in

fieldtrip (CTF-head-coordinates) format?<br>

I have the fiducial info from SPM available...<br>

Is it possible to do sth like:<br>

<br>

pos = mri.transform * mri.ind;<br>

pos = pos - fiducial.pos; %or whatever - do a translation to the origin

of the 'new coordinate system'<br>

mri.transform = pos  / ind;<br>

<br>

?? <br>

or is it also necessary to flip the dimensions / specify further info??

cause I think MRI's in

SPM have the x- and y-axis flipped compared to the CTF/fieldtrip

headmodel format...<br>

<br>

Any suggestions would be appreciated, thanks<br>

Markus<br>

</body>

</html>

<p>----------------------------------</p>

<p>The aim of this list is to facilitate the discussion between users of the FieldTrip  toolbox, to share experiences and to discuss new ideas for MEG and EEG analysis.</p>

<p>  http://listserv.surfnet.nl/archives/fieldtrip.html</p>

<p>  http://www.ru.nl/fcdonders/fieldtrip/</p>