Thank you for the help, I am using statfun_indepZCoh, and hoping to
cluster over maxsize in freq_time. The problem is that specifying cfg.neighbours = [] causes a problem in findcluster(). I modified line 175 in clusterstats to do reshape [cfg.dim(2:end) 1], but I now run into an error at line 38 of findcluster(). <br>
<br>The problem is that makechanneighbstructmat(cfg) returns a 2x2 matrix of zeros when passed a cfg.neighbours = []. As a result it doesn't pass the check at line 37 of findcluster.m, which is:<br><br>length(size(spatdimneighbstructmat))~=2 || ~all(size(spatdimneighbstructmat)==spatdimlength)<br>
<br>So that's why I'd like to know, what should the neighbstructmat that is returned by makechanneighbstructmat() look like when passed cfg.neighbours = []? It doesn't seem like it should be a 2x2 matrix of zeros.<br>
-chetan<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Mar 8, 2010 at 9:00 AM, Robert Oostenveld <span dir="ltr"><<a href="mailto:r.oostenveld@fcdonders.ru.nl">r.oostenveld@fcdonders.ru.nl</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div class="im"><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
And also, what should the channeighbstructmat look like when doing freq_time clustering? When I do the fix mentioned above, it returns a 2x2 matrix of zeros, which causes problems in findcluster(). I've read over the neighbourselection(), but it doesn't give any clues for freq_time clustering.<br>

</blockquote>
<br>
<br></div>
neighbourselection is only for specifying neighbouring channels. Neighbouring timepoints and frequencies have a trivial definition and don'h have to be specified. If you only want clustering in time and frequency and not over channels, you shoudl specify cfg.neighbours = {} or [] (I don't know for sure which emnptyit should be right now).<br>

<br>
best<br><font color="#888888">
Robert</font><div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
----------------------------------<br>
The aim of this list is to facilitate the discussion between users of the FieldTrip  toolbox, to share experiences and to discuss new ideas for MEG and EEG analysis. See also <a href="http://listserv.surfnet.nl/archives/fieldtrip.html" target="_blank">http://listserv.surfnet.nl/archives/fieldtrip.html</a> and <a href="http://www.ru.nl/neuroimaging/fieldtrip" target="_blank">http://www.ru.nl/neuroimaging/fieldtrip</a>.<br>

</div></div></blockquote></div><br>
<p>----------------------------------</p>
<p>The aim of this list is to facilitate the discussion between users of the FieldTrip  toolbox, to share experiences and to discuss new ideas for MEG and EEG analysis.</p>
<p>  http://listserv.surfnet.nl/archives/fieldtrip.html</p>
<p>  http://www.ru.nl/fcdonders/fieldtrip/</p>