
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">

<HTML>

<HEAD>

<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=iso-8859-1">

<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.5.7653.38">

<TITLE>minor problem loading fiff file</TITLE>

</HEAD>

<BODY>

<!-- Converted from text/plain format -->


<P><FONT SIZE=2>Hi,<BR>

<BR>

this is my very first day with fieldtrip so there is some chance that the error is due to the user rather than to the code... Anyways, I had the following problem. I loaded a fif file using preprocessing which did not start a time 0 but later. I got an a error from the mne function fiff_read_raw_segment saying that there is no data in this range. I tried to define the trial differently setting trl in different ways but it didn't help so I looked at the code. Preprocessing calls the function read_header which said that nSamplesPre were -6031500 in my case. So I guess this means that there are samples missing between a trigger (I don"t know which) and the start of the file. Later in preprocessing the function read_data calls fiff_read_raw_segment with the following arguments:<BR>

read_data.m, line 691.m: dat = fiff_read_raw_segment(hdr.orig.raw,begsample+hdr.nSamplesPre-1,endsample+hdr.nSamplesPre-1,chanindx);<BR>

Thus fiff_read_raw_segment is launched with negative to and from values which finally causes the error. nSamples should have been subtracted here and not added (it is a negative integer).<BR>

I would suggest that in the future the call to the function should be only with arguments coming from the header file, i.e. from = hdr.orig.raw.last_samp and to = hdr.orig.raw.first_samp or that the pluses in the quoted line should be changed to minuses (which I did now in my version). However, I don't know if my file is strange (neg nSamplesPre) or if the code has a bug.<BR>

<BR>

Hope this helps anyone<BR>

<BR>

Best,<BR>

<BR>

Jan<BR>

<BR>

</FONT>

</P>


</BODY>

</HTML>

<p>----------------------------------</p>

<p>The aim of this list is to facilitate the discussion between users of the FieldTrip  toolbox, to share experiences and to discuss new ideas for MEG and EEG analysis.</p>

<p>  http://listserv.surfnet.nl/archives/fieldtrip.html</p>

<p>  http://www.ru.nl/fcdonders/fieldtrip/</p>