<div>Hi,</div>
<div> </div>
<div>Jan-Mathijs is right. There is nothing wrong with your analysis. What you see is the TMS artifact which is a sharp pulse occuring in both channels synchronously and therfore producing high coherence across the spectrum as it should be. If you are not interest in the time period around the pulse, you can just exclude it from your analysis. Otherwise, you are in the difficult business of dealing with TMS artifacts and unless you want to make it the topic of your reasearch, you should probably not spend too much efforts on it. </div>

<div> </div>
<div>You may find the following papers useful:</div>
<div> </div>
<div><a class="authors" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17574872?ordinalpos=1&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Pubmed.Pubmed_ResultsPanel.Pubmed_RVDocSum">Litvak V, Komssi S, Scherg M, Hoechstetter K, Classen J, Zaaroor M, Pratt H, Kahkonen S.</a>
<div class="clearer"></div>
<div class="rprtMainSec"><a class="icon" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17574872?ordinalpos=1&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Pubmed.Pubmed_ResultsPanel.Pubmed_RVDocSum"></a>
<div class="summary">
<div class="title">Artifact correction and source analysis of early electroencephalographic responses evoked by transcranial magnetic stimulation over primary motor cortex.</div></div></div></div>
<div> </div>
<div><a class="authors" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17399798?ordinalpos=4&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Pubmed.Pubmed_ResultsPanel.Pubmed_RVDocSum">Morbidi F, Garulli A, Prattichizzo D, Rizzo C, Manganotti P, Rossi S.</a>
<div class="clearer"></div>
<div class="rprtMainSec"><a class="icon" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17399798?ordinalpos=4&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Pubmed.Pubmed_ResultsPanel.Pubmed_RVDocSum"></a>
<div class="summary">
<div class="title">Off-line removal of TMS-induced artifacts on human electroencephalography by Kalman filter.</div>
<div class="source"><abbr class="journalname" title="Journal of neuroscience methods">J Neurosci Methods</abbr>. 2007 May 15;<span class="volume">162</span>(<span class="issue">1-2</span>):<span class="pages">293-302</span>. Epub 2007 Jan 7.</div>
</div></div></div>
<div>
<div>
<div>
<div> </div>
<div><a class="authors" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15661302?ordinalpos=5&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Pubmed.Pubmed_ResultsPanel.Pubmed_RVDocSum">Thut G, Ives JR, Kampmann F, Pastor MA, Pascual-Leone A.</a>
<div class="clearer"></div>
<div class="rprtMainSec"><a class="icon" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15661302?ordinalpos=5&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Pubmed.Pubmed_ResultsPanel.Pubmed_RVDocSum"></a>
<div class="summary">
<div class="title">A new device and protocol for combining TMS and online recordings of EEG and evoked potentials.</div>
<div class="source"><abbr class="journalname" title="Journal of neuroscience methods">J Neurosci Methods</abbr>. 2005 Feb 15;<span class="volume">141</span>(<span class="issue">2</span>):<span class="pages">207-17</span>. </div>

<div class="PMid"> </div>
<div class="PMid"><a class="authors" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16054397?ordinalpos=5&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Pubmed.Pubmed_ResultsPanel.Pubmed_RVDocSum">Fuggetta G, Fiaschi A, Manganotti P.</a>
<div class="clearer"></div>
<div class="rprtMainSec"><a class="icon" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16054397?ordinalpos=5&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Pubmed.Pubmed_ResultsPanel.Pubmed_RVDocSum"></a>
<div class="summary">
<div class="title">Modulation of cortical oscillatory activities induced by varying single-pulse transcranial magnetic stimulation intensity over the left primary motor area: a combined EEG and TMS study.<br><br>With best wishes,</div>

<div class="title"> </div>
<div class="title">Vladimir </div>
<div class="title"> </div>
<div class="title"> </div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<div class="gmail_quote">On Feb 20, 2008 9:09 AM, Muthuraman Muthuraman <<a href="mailto:muthuraman10@hotmail.com" target="_blank">muthuraman10@hotmail.com</a>> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">
<div>Hello Fieldtrippers,<br><br>The plot is attached with this mail.<br><br>Thanking you <br><br>WIth regards<br>M.Muthuraman.<br>
<div><br>
<hr>
Live the life in style with MSN Lifestyle. Check out! <a href="http://content.msn.co.in/Lifestyle/Default" target="_blank">Try it now!</a></div></div>
<div>
<p>----------------------------------</p>
<p>The aim of this list is to facilitate the discussion between users of the FieldTrip toolbox, to share experiences and to discuss new ideas for MEG and EEG analysis.</p>
<p><a href="http://listserv.surfnet.nl/archives/fieldtrip.html" target="_blank">http://listserv.surfnet.nl/archives/fieldtrip.html</a></p>
<p><a href="http://www.ru.nl/fcdonders/fieldtrip/" target="_blank">http://www.ru.nl/fcdonders/fieldtrip/</a></p></div></blockquote></div><br>
<p>----------------------------------</p>
<p>The aim of this list is to facilitate the discussion between users of the FieldTrip  toolbox, to share experiences and to discuss new ideas for MEG and EEG analysis.</p>
<p>  http://listserv.surfnet.nl/archives/fieldtrip.html</p>
<p>  http://www.ru.nl/fcdonders/fieldtrip/</p>