<HTML><BODY style="word-wrap: break-word; -khtml-nbsp-mode: space; -khtml-line-break: after-white-space; "><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" color="#2100DD">Hi Eric,</FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; color: rgb(33, 0, 221); min-height: 14px; "><FONT class="Apple-style-span" color="#2100DD"><BR></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" color="#2100DD">Thanks for your quick reply. I scanned the tutorials and I could not find one that is using clusterrandanalysis.m. I only found a matlab script named:</FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; color: rgb(33, 0, 221); min-height: 14px; "><FONT class="Apple-style-span" color="#2100DD"><BR></FONT></DIV><DIV style="text-align: justify;margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" color="#2100DD">"Apply clusterrandanalysis on TFRs of power that were computed with BESA"</FONT></DIV><DIV style="text-align: justify;margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><FONT class="Apple-style-span" color="#2100DD"><BR></FONT></DIV><DIV style="text-align: justify;margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" color="#2100DD">but as it is only a script I cannot access the data. </FONT></DIV><DIV style="text-align: justify;margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><FONT class="Apple-style-span" color="#2100DD"><BR></FONT></DIV><DIV style="text-align: justify;margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" color="#2100DD">So far I was capable to run freqanalysis.m by adapting my data to the format described in the documentation. However, when I run clusterranalaysis.m with the output of freqanalysis.m being 'freq'</FONT></DIV><DIV style="text-align: justify;margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><FONT class="Apple-style-span" color="#2100DD"><BR></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" color="#2100DD">[clusrand] = clusterrandanalysis(cfg2,freq,freq); % I am using twice 'freq' as a test run with cfg2.statistic: 'indepsamplesZcoh' </FONT></DIV><DIV style="text-align: justify;margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><FONT class="Apple-style-span" color="#2100DD"><BR></FONT></DIV><DIV style="text-align: justify;margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" color="#2100DD">, I keep on getting errors such as :</FONT></DIV><DIV style="text-align: justify;margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><FONT class="Apple-style-span" color="#2100DD"><BR></FONT></DIV><DIV style="text-align: auto;margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" color="#2100DD">??? Reference to non-existent field 'dof'.</FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; color: rgb(33, 0, 221); min-height: 14px; "><FONT class="Apple-style-span" color="#2100DD"><BR></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" color="#2100DD">Error in ==> fieldtrip-lite-20070920/private/clusterrandstatistics at 680</FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" color="#2100DD">            dofc1=reshape(sum(data.dof(replselc1,:,:),1),1,nfreq,ntime);</FONT></DIV><DIV style="text-align: justify;margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><FONT class="Apple-style-span" color="#2100DD"><BR></FONT></DIV><DIV style="text-align: justify;margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" color="#2100DD">And if I had the option:</FONT></DIV><DIV style="text-align: justify;margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><FONT class="Apple-style-span" color="#2100DD"><BR></FONT></DIV><DIV style="text-align: auto;margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" color="#2100DD">cfg.calcdof = 'yes'</FONT></DIV><DIV style="text-align: justify;margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><FONT class="Apple-style-span" color="#2100DD"><BR></FONT></DIV><DIV style="text-align: justify;margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" color="#2100DD">to get the degree of freedom, I get this other error:</FONT></DIV><DIV style="text-align: justify;margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><FONT class="Apple-style-span" color="#2100DD"><BR></FONT></DIV><DIV style="text-align: auto;margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" color="#2100DD">??? Undefined function or variable "cumtapcnt".</FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; color: rgb(33, 0, 221); min-height: 14px; "><FONT class="Apple-style-span" color="#2100DD"><BR></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" color="#2100DD">Error in ==> freqanalysis_mtmfft at 389</FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" color="#2100DD">if calcdof && ~exist(cumtapcnt)</FONT></DIV><DIV style="text-align: justify;margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><FONT class="Apple-style-span" color="#2100DD"><BR></FONT></DIV><DIV style="text-align: justify;margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" color="#2100DD">Could you please tell if I am using a wrong configuration variable or if there is a problem in the code?</FONT></DIV><DIV style="text-align: justify;margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><FONT class="Apple-style-span" color="#2100DD"><BR></FONT></DIV><DIV style="text-align: justify;margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" color="#2100DD">Thanks,</FONT></DIV><DIV style="text-align: justify;margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><FONT class="Apple-style-span" color="#2100DD"><BR></FONT></DIV><DIV style="text-align: justify;margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" color="#2100DD">Rodrigo.</FONT></DIV><DIV style="text-align: justify;margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><FONT class="Apple-style-span" color="#2100DD"><BR></FONT></DIV><DIV style="text-align: justify;"><BR></DIV><DIV><DIV>On Sep 20, 2007, at 9:56 AM, Rodrigo F. Salazar wrote:</DIV><BR class="Apple-interchange-newline"><BLOCKQUOTE type="cite">Hi,<DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>I am new to fieldtrip and I am working with intracortical data. I have never used any function of fieldtrip and I would like to use clusterrandanalysis.m using my own data format. I cannot find a clear description of the input needed for that function. Can someone quickly describe the input format or even send me an example of input data?</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Thanks,</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Rodrigo.</DIV><DIV> <BR><DIV> <SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><DIV>~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~</DIV><DIV>Rodrigo F. Salazar, Ph.D</DIV><DIV>Post-doctoral Fellow</DIV><DIV>Lewis Hall 1, </DIV><DIV>Center for Computational Biology</DIV><DIV>Montana State University</DIV><DIV>Bozeman, 59717 MT, USA</DIV><DIV>Phone: ++1 (406) 994 71 90, </DIV><DIV>Fax: ++1 (406) 994 74 38</DIV><DIV>email: <A href="mailto:rsalazar@nervana.montana.edu">rsalazar@nervana.montana.edu</A></DIV><DIV><A href="http://cns.montana.edu/~rsalazar/">http://cns.montana.edu/~rsalazar/</A> </DIV><DIV>~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><BR class="Apple-interchange-newline"></SPAN> </DIV><BR></DIV><P>----------------------------------</P><P>The aim of this list is to facilitate the discussion between users of the FieldTrip  toolbox, to share experiences and to discuss new ideas for MEG and EEG analysis.</P><P>  <A href="http://listserv.surfnet.nl/archives/fieldtrip.html">http://listserv.surfnet.nl/archives/fieldtrip.html</A></P><P>  <A href="http://www.ru.nl/fcdonders/fieldtrip/">http://www.ru.nl/fcdonders/fieldtrip/</A></P></BLOCKQUOTE></DIV><BR><DIV> <SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><DIV>~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~</DIV><DIV>Rodrigo F. Salazar, Ph.D</DIV><DIV>Post-doctoral Fellow</DIV><DIV>Lewis Hall 1, </DIV><DIV>Center for Computational Biology</DIV><DIV>Montana State University</DIV><DIV>Bozeman, 59717 MT, USA</DIV><DIV>Phone: ++1 (406) 994 71 90, </DIV><DIV>Fax: ++1 (406) 994 74 38</DIV><DIV>email: <A href="mailto:rsalazar@nervana.montana.edu">rsalazar@nervana.montana.edu</A></DIV><DIV><A href="http://cns.montana.edu/~rsalazar/">http://cns.montana.edu/~rsalazar/</A> </DIV><DIV>~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><BR class="Apple-interchange-newline"></SPAN> </DIV><BR></BODY></HTML><p>----------------------------------</p>
<p>The aim of this list is to facilitate the discussion between users of the FieldTrip  toolbox, to share experiences and to discuss new ideas for MEG and EEG analysis.</p>
<p>  http://listserv.surfnet.nl/archives/fieldtrip.html</p>
<p>  http://www.ru.nl/fcdonders/fieldtrip/</p>