<HTML><BODY style="word-wrap: break-word; -khtml-nbsp-mode: space; -khtml-line-break: after-white-space; ">Hi Grant,<DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV><DIV><BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Basically, we need to:</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">1) Open time series data that is in ASCII format.<SPAN class="Apple-converted-space">  </SPAN>The data is just one</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">or two channels of potentials from one or two electrodes sampled at</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">200Hz.</DIV></BLOCKQUOTE><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Assuming that the data format can be read using standard Matlab file I/O functions (fread or dlmread) all that is required is then to convert the data into an appropriate FieldTrip (FT) data structure. This will work best if your data naturally divides into "trials" or epochs, but in principle you can also define intervals of arbitrary length with arbitrary overlap (which may be useful for subsequent spectral / time-frequency analysis).</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><BR><BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">2) Identify regions in the data that have 'high voltage/low frequency'</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">or 'low voltage/high frequency'.<SPAN class="Apple-converted-space">  </SPAN>(Perhaps this could be determined</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">based on average in data region vs average potential of whole data set).</DIV></BLOCKQUOTE><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>There are several ways in which this could be accomplished in FT.</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><BR><BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">3) Calculate power spectra for the data regions.</DIV></BLOCKQUOTE></DIV><DIV><BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">4) Calculate spectral edge frequencies for the data regions</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">5) Do some simple statistics comparing data regions (eg, spectral edge</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">frequency of controls vs experimental group).</DIV></BLOCKQUOTE><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV>All easy.</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV><BR><BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">6) Creating m files to automate as much as possible.</DIV></BLOCKQUOTE><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>That's the essence of FT philosophy :-)</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><BR><BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">So my questions are:</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">1) Is this straight forward to do in Fieldtrip?</DIV></BLOCKQUOTE><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV>Mostly, yes. However, you may need to write the odd small function yourself, which is then passed to and called by FT: at the end of the day, FT is merely a "box of tools" :-)</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV><BR><BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">2) Do we need anything more than the MATLAB program itself (ie, do we</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">need any other MATLAB toolboxes)?</DIV></BLOCKQUOTE><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>FT has been written to be as "stand alone" as possible, so you should be OK. I could imagine that the only other Matlab Toolboxes you might need are the Statistics Toolbox (to do paramteric tests, FT can do non-parametric permutation tests using any statistic/measure derived from your data) based on permutation) and perhaps the Signal Processing Toolbox (although I am pretty sure that FT is now self-sufficient there).</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">3) Is there another (free) library that might be better for this kind of</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">a problem?</DIV></BLOCKQUOTE><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Not sure about free ones ... you could always write your own stuff in Matlab, I guess.</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Hope this helps,</DIV><DIV>Regards,</DIV><DIV>Christian</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV></DIV><BR><DIV> <SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><DIV>----------------------------------------------------------------------</DIV><DIV>Christian Hesse, PhD, MIEEE</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">F.C. Donders Centre for Cognitive Neuroimaging </DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">P.O. Box 9101 </DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">NL-6500 HB Nijmegen </DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">The Netherlands</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Tel.: +31 (0)24 36 68293</DIV><DIV>Fax: +31 (0)24 36 10989</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Email: <A href="mailto:c.hesse@fcdonders.ru.nl">c.hesse@fcdonders.ru.nl</A></DIV><DIV>Web: <A href="http://www.fcdonders.ru.nl">www.fcdonders.ru.nl</A></DIV><DIV>----------------------------------------------------------------------</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "></SPAN><BR class="Apple-interchange-newline"></SPAN></SPAN></SPAN></SPAN></SPAN> </DIV><BR></DIV></BODY></HTML>