Dear FieldTrippers,<br>
<br>
I am using Cluster
Randomization Analysis (CRA) on scalar data and I would like to be sure
that the procedure is correct. Results are plausible, but since this is
not the canonical use of CRA, I would like to have your feedback. <br>
<br>
I have 9 subjects, two experimental condition for each subject, and 39
channels. For every subject, channel and condition, I computed an
exponent alpha of the power law that better fits the temporal
long-range autocorrelations in the data, i.e. a scalar value between
0.5 and 1.5. I transformed the data in a format suitable to CRA by
using eeglab2fieldtrip.m to obtain the electrode structure, and by
transforming the data structure by hand to mimick the output of the
tutorial data, CRA Within-Subjects case.<br>
The result for each condition is a structure like this:<br>
<br>
data1 = <br>
<br>
         label: {39x1 cell}<br>
       fsample: 500<br>
          elec: [1x1 struct]<br>
           cfg: [1x1 struct]<br>
        dimord: 'repl_chan_time'<br>
    individual: [9x39 double]<br>
          time: 1<br>
<br>
I then performed CRA with the following parameters:<br>
cfg=[];<br>
cfg.statistic='depsamplesT';<br>
cfg.alphathresh=0.05;<br>
cfg.makeclusters='yes';<br>
cfg.minnbchan=2;<br>
cfg.neighbourdist=1;<br>
cfg.clusterteststat='maxsum';<br>
cfg.onetwo='twosided';<br>
cfg.alpha=0.05;<br>
cfg.nranddraws=500;<br>
cfg.channel={'all'};<br>
[clusrand]=clusterrandanalysis(cfg,data1,data2);<br>
<br>
My questions are:<br>
1) Is this procedure correct or are there specific parameters for scalar data?<br>
2) Is there a way to compute the null distribution by considering all
possible reassignments of the conditions instead of the Monte Carlo
approximation - in this case it would be feasible because all possible
reassignments should be 2^9, right?<br>
<br>
Last point, when I ran the examples on the tutorial data in the Cluster
Randomization Analysis section, Within-Subjects case, I found out a
little error: <br>
<br>
clusrand from clusranderfcpFICvsFCorig.mat has two fields with incorrect dimensions that give errors when plotted: <br>
stats: [151x1x301 double] <br>
raweffect: [151x1x301 double]<br>
<br>
while they should be <br>
stats: [151x301 double]<br>
raweffect: [151x301 double]<br>
<br>
and a problem with plotting (once the little error corrected): I attach
the figure that I plotted by following the instructions in the
tutorial. I am using Matlab 7 and FieldTrip version 20060731. Can
you help me with this?<br clear="all"><br>
Thank you and have a good day,<br>
<br>
Marco<br>
<br>
<br>-- <br>Marco Buiatti - Post Doc<br><br>**************************************************************<br>Cognitive Neuroimaging Unit  - INSERM U562<br>Service Hospitalier Frederic Joliot, CEA/DRM/DSV<br>4 Place du general Leclerc, 91401 Orsay cedex, France
<br>Telephone: +33 1 69 86 77 65    Fax: +33 1 69 86 78 16<br>E-mail: <a href="mailto:marco.buiatti@gmail.com" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">marco.buiatti@gmail.com</a>    Web: <a href="http://www.unicog.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">


www.unicog.org</a><br>***************************************************************